افتتح متحف قلعة البحرين في فبراير 2008م بهدف حماية الملامح التّاريخية للموقع الأثري، إضافة إلى توثيق الحقب الأثريّة عبر الحفاظ على القطع الأثريّة المكتشفة في موقع قلعة البحرين. 

 يقع متحف قلعة البحرين مقابل قلعة البحرين التّاريخية، التي تعد واحدة من أهم الحصون السّياسية والعسكريّة التّاريخية المعروفة في منطقة الخليج العربي.  هذه القلعة هي جزء من موقع قلعة البحرين، الذي أدرج على قائمة التّراث العالمي لمنظمة الأمم المتحدة للثّقافة والتربية والعلوم (اليونيسكو) عام 2007م. ويشكّل المتحف من موقعه الذي يطلّ منه على أجمل المشاهد الطبيعية والعفوية التي تنسجم فيها البيئة البحرية مع الحزام الأخضر للمنطقة. ويعدّ ذلك من المساحات البيئية التي لم يطَلها التغيير العمراني.

 تتحدّث مقتنيات المتحف عن خمس حقب تاريخية مختلفة متواجدة في خمس صالات مختلفة، هذه الصالات توظّف الآثار المكتشفة في موقع قلعة البحرين لتقديم شرح تاريخي يعتمد على التسلسل التاريخي للقطع الأثرية ما بين الممرات.

التصميم الثلاثي لمتحف قلعة البحرين يقع على طابقين، ويعمل على نسج علاقة قوية ما بين أجواءه في الداخل والطبيعة المفتوحة في الخارج. كما تسمح واجهة المتحف الخلفية المطلة على البحر بفتح معبرٍ ما بين القرية الداخلية حتى الشاطئ.

 أما أجزاء المتحف الأخرى فهي الباحة الرئيسية له والمقهى المتصل بها، والذي يطل على واجهة البحر بشكل يقابل قلعة البحرين، كما يضم المتحف كذلك قاعة محاضرات ودكّان هدايا.